Die US-amerikanische klinische Psychologin Dr. Francine Shapiro fand 1987 „zufällig“ bei einem Spaziergang im Park heraus, dass ihre belastenden Gedanken verschwanden und sich deren negativen Auswirkungen verringerten, als sie ihre Augen zwischen den Bäumen hin und her bewegte.
Daraufhin überprüfte sie im Selbstversuch die Wirkung von absichtlich ausgeführten Augenbewegungen, während sie sich auf belastende Gedanken konzentrierte. Auch hier zeigten sich positive Veränderungen, so dass sie ihre Experimente mit induzierten Augenbewegungen auf Freunde und Bekannte ausdehnte. Sie sollten sich auf negative Gedanken und die dazugehörigen Affekte konzentrieren, während sie mit den Augen den Bewegungen von Shapiros Fingern folgten.
Durch die Erfolge ermutigt, arbeitete Francine Shapiro ein Standardverfahren aus, das sie EMD (Eye Movement Desensitization) nannte, da sie zunächst annahm, dass es sich bei ihrem Verfahren um eine Variante der aus der Verhaltenstherapie bekannten systematischen Desensibilisierung handelte. Ende 1987 prüfte sie die Wirksamkeit von EMD in einer empirischen Untersuchung an Patienten mit diagnostizierter PTBS (Posttraumatische Belastungsstörung). Die 1989 im Journal of Traumatic Stress veröffentlichten Ergebnisse ihrer Studie belegen eine signifikante Abnahme der Belastungen gegenüber der Kontrollgruppe.
In der Weiterentwicklung und Erforschung der Methode beobachtete Shapiro deutliche Unterschiede zu den verhaltenstherapeutischen Verfahren. So entwickelte sie EMD zwischen 1987 und 1991 in Kalifornien weiter zur EMDR-Methode. 1989 setzte sie in der therapeutischen Arbeit mit Kriegstraumatisierten erstmals EMDR ein. EMDR versteht sich heute als dynamisch-behaviorales Verfahren, das sowohl psychodynamische als auch verhaltenstherapeutische Elemente aufweist.